火红蛋蛋的获取与培育系统是游戏后期的重要玩法之一。火红蛋蛋需要通过特定妖怪间的交配生出带有遗传技能的妖怪蛋，这一机制在高级对战中尤为重要。玩家需将两只不同性别的神奇宝贝送至孵化场，若它们属于同一蛋群且亲密度足够，便可能产卵。并非所有神奇宝贝都能产卵，传说中的神奇宝贝和一些特殊个体无法繁殖。
火红版孵化场位于第五城以南的第四路，具体位置在华蓝城南部。从华蓝城出发，穿过迪格利特洞窟，再经过11号公路即可到达。放入孵化场的两只神奇宝贝将在工作人员照料下进行培育，蛋组涵盖水1组、怪物组等不同属性分类。亲密程度直接影响产卵概率，亲密度高的组合更容易成功。成功产蛋后，玩家将获得神奇宝贝蛋，其孵化过程通过游戏步数计算，不同蛋种所需步数各异。
火焰体特性的神奇宝贝能显著加速孵化过程，这是优化培育效率的关键。遗传技能方面，通过精心搭配父母个体，可获得拥有强大对战价值的技能组合，这些技能往往能在对战中逆转局势或突破敌方防御。个体值变异是孵化系统的另一特点，蛋孵化后的性别和个体值会随机生成，这增加了培育完美个体的挑战性。
后期玩家可前往灯火山区域探索，该地点与火属性宝可梦培育密切相关。灯火山顶栖息着火焰鸟，其出现条件需要推动特定岩石堵住瀑布。携带水系或岩石系宝可梦应对更为稳妥，因火系技能对其效果不佳。该区域同时存在隐藏道具火之石，可用于特定宝可梦的进化需求。
整个培育流程需结合地图探索、特性利用和战斗策略，建议玩家在挑战四天王前完成核心蛋组收集。系统深度体现在遗传技能组合、个体值优化及特性继承等层面，这些要素共同构成了火红版独特的养成体验。完成图鉴60种后找博士升级图鉴，能进一步解锁高级培育功能。
