线索是探索禁林、解锁剧情和获取奖励的核心要素。游戏中的线索分为普通线索和隐藏线索两类，普通线索主要通过参与每日课堂、舞会、决斗俱乐部、魁地奇训练赛等活动获取，每日最多可获得三个。神秘商店每日可购买两个线索，需消耗通过协助其他巫师通关禁林获得的感谢信。普通禁林线索通过单人通关可解锁更高星级，最高可达十星，而神秘商店偶尔会出售初始星级较高的普通线索。隐藏线索分为紫色和红色两种，通关三星及以上普通禁林时有概率获得，紫色线索每周最多获取四个，红色线索每周最多两个，其难度和奖励均高于普通线索。
隐藏线索的获取与使用需注意特定规则。紫色线索每周可领取四次奖励，最高星级为十星，分为顽皮的守护者与篝火旁的身影两种类型。红色线索每周可领取两次奖励，最高星级为五星，难度显著高于紫色禁林。隐藏禁林线索支持1-3人组队挑战，通关即可解锁更高难度，若挑战失败退出则会返还线索。三种线索的难度排序为：巨蛛领地＞篝火旁的身影＞顽皮的守护者＞普通禁林。玩家应合理规划每周的隐藏线索挑战次数，优先完成高难度线索以获得更优质奖励。
拼图寻宝是游戏中另一重要的线索探索玩法，玩家需根据每日更新的线索提示在霍格沃茨各处寻找拼图碎片。拼图线索可能指向特定场景如黑魔法防御教室、魔法史教室或古灵阁等地，需与NPC对话或完成简单挑战获取。部分拼图需要特殊操作，如使用隐形药水进入校长室或在特定位置点击互动元素。每日共有三个拼图线索，分布在城堡主楼、魁地奇球场、对角巷等不同区域，玩家需仔细阅读线索描述并熟悉游戏场景布局才能高效完成收集。
禁林手记是游戏中较为隐蔽的收集要素，共108个，需通过特定方式触发。回访已通关的禁林时可能触发调查事件，某些手记需按特定路线探索才能发现。手记内容与游戏世界观深度结合，完成全收集可解锁特殊奖励。建议玩家记录已获取手记的编号和触发条件，并参考完整攻略查漏补缺。探索时需注意，单人首次通关不会触发调查，需第二次通关才会出现，且部分手记对探索方向有严格要求。
游戏中的线索系统与角色成长紧密相关。高品质回响主要通过高星级禁林挑战获取，因此提升线索解锁等级至关重要。普通线索应尽量通关以解锁更高星级，而隐藏线索则需注重队伍配合与战术策略。拼图寻宝提供的奖励可加速角色培养，禁林手记则丰富了游戏背景叙事。玩家应平衡每日的线索获取与挑战安排，优先完成限次数的隐藏线索，再处理普通线索和拼图收集，最后进行手记补全，以此实现游戏进度的最优发展。
