特殊种子确实存在变异机制，但需要满足特定条件才能触发。变异种子的获取途径包括梅森商店购买、土伯伯活动领取或完成特定任务奖励。这些种子通常带有变异标签，表明其具备杂交变异的潜力。变异过程的核心在于花粉授粉操作，玩家需使用农具中的花粉瓶采集同种类但不同颜色植物的花粉，再对目标植物进行授粉。成功授粉后，植物会进入变异等待期，可使用变异肥料或神奇配方提升成功率。变异结果会解锁生物图鉴中的新条目，并可能获得特殊外观或能力的植物。
变异概率受多种因素影响，包括植物状态、天气条件及道具辅助。保持植物健康状态并在晴天操作可略微提高成功率。太空种子作为特殊类别，其变异机制略有不同。玩家需在土伯伯活动期间领取太空种子（如太空大南瓜、太空白茄子等），种植后有概率直接长成变异农作物。这类变异无法通过授粉控制，完全依赖随机概率，但持续在线可能对变异几率产生积极影响。变异后的太空农作物可用于兑换航天飞行器等限定奖励。
花粉采集与授粉操作是变异流程的关键步骤。玩家需等待植物成熟后，使用花粉瓶采集其花粉，植物会显示花朵标志，表明可接受授粉。授粉需选择同种类不同颜色的花粉，例如红色牵牛花搭配紫色牵牛花粉可能变异为蓝色牵牛花。授粉后需避免使用篮子直接收获，否则会中断变异进程。变异等待期可通过高级肥料加速，但需注意变异并非100%成功，失败后需重新尝试。
对于希望系统性提升变异效率的玩家，建议优先完成植物杂交任务以解锁初级花粉瓶，并定期参与游戏活动获取变异化肥等道具。庄园等级扩建和技能树升级也能间接提高变异种子掉落率。种植高级作物或使用摩尔果实机器加工，均有概率额外获得变异种子。若追求太空种子变异，建议在活动期间集中种植并保持在线时长，以最大化变异机会。
